Nevynechateľnou časťou seriálu Naruto sú nindžovské boje. Nindžovia bojujú veľmi často, či už ako tréning, na skúške, alebo s nepriateľom počas misie. Nindžovia používajú v boji rôzne zbrane, najčastejšie však Kunaie a Shurikeny Okrem zbraní nindžovia v boji používajú rôzne techniky, tzv. džutsu (jap.: jutsu, eng. technic). Pre použitie nejakého džucu je potrebné využiť svoju energiu, čakru (jap.: chakra).
Džucu sa delí na:
Taidžucu (jap.: Taijutsu)
Bojuje sa telom a nepoužívajú sa pri tom žiadne špeciálne techniky či ilúzie. S Taijutsu sa spája Boj bez zbrane (ang.: hand-to-hand combat). Bez taidžucu sa nezaobíde žiaden nindža, to je základ. Shinobi ovládajúci Taijutsu používa svoju čakru na zlepšenie vlastností svojho tela (Ako napr. Rock Lee, či Tsunade) poprípade na presnejšie smerovanie svojej čakry do určitých bodov tela (ako napr. klan Hyuuga a ich nechniky Hakke).
Nindžucu (jap.: Ninjutsu)
Najničivejšie techniky pochádzajú práve z tejto kategórie. Na každé nindžucu je potreba nejaké množstvo čakry. Najzákladnejšie techniky, ako Premena (jap.: Henge; ang.: Transform), Klon (jap.: Bunšin; ang.: Clone), či Náhrada (jap.: Kawarimi; ang.: Replacement) sa v Listovej dedine (jap.: Konohakurage, ang.: Hidden Leaf village) učia ešte v akadémii. Princípom ninjutsu sú dve časti: Elemntálna Rekompzícia (typy elementov sú: Oheň (napr. Obrovská ohnivá guľa, jap. Katon, Goukayu no jutsu), Vietor (napr. Rasengan, jap. Fuuton, Rasengan), Blesky (napr. Tisíc štebotajúcich vtákov, jap. Chidori), Zem (napr. Dračia pozemná strela, jap. Donton, Donryuudan no jutsu), Voda (napr. Vodný klon, jap. Mizu bunshin no jutsu) a Spektrálna kontrola. Spojením týchto dvoch techník sa dá vytvoriť najmocnejšia z techník v celom svete. O toto sa snažil aj 4. Hokage, ktorý však neuspel, Narutovi sa túto tecniku podarilo vytvoriť už z polovice (známa aj ako Rasen Shuriken), čím sa stal mocnejší ako Kakashi. Tzv. pokrvné techniky (ang. Bloodline limit, jap. Kekkei Genkai) sú tvorené pomocou spojení niektorých typov elementov. (Ninjovia ovládajú väčšinou len 1 typ, tí lepší 2 (napr. Naruto ovláda Vietor a Vodu, Sasuke Blesky a Oheň), majitelia Rin Neganu dokonca všetky), ako to predviedol napr. 1. Hokage, ktorý pomocou spojenia Zeme a Vody v znameniu hada dokázal vytvoriť nový element: drevo, ktorý vedel potom ovládať.
Gendžucu (jap.: Genjutsu)
Táto skupina techník umožňuje nindžovi využívať ilúzie na pomätenie súpera, alebo vystrašenie súpera. Robí sa to pomocou napadnutia zmyslových orgánov (najčastejšie pomocou očného kontaktu) obete a infikovať ich vlastnou chakrou a následne ich oklamať. Pri používaní týchto techník sa vždy musí použiť médium. Itachi Uchiha, jeden z najväčších majstrov Genjutsu, používa (okrem Sharinganových techník) ako médium svoj prsteň. Z genjutsu sa dá dostať niekoľkými spôsobmi, a to zvonka, alebo znútra. Z vonka je to najjednoduchšie bolesťou, vďaka nej sa najlahšie človek dostane von z ilúzie. Potom sa to dá riešiť aj technikou Zrušenia (ang. Dispell, jap. Kai), ktorá patrí medzi základne techniky. Tieto techniky musí použiť niekto zvonka, aby vás z Genjutsu dostal, ale môžete to vyriešiť aj sami, pomocou sústredenia chakry a jej následným uvolnením. Ak sa vám ani tak nepodarí z neho uniknúť, zostáva vám sa len modliť...